Waehrend des temporaeren Ende der X-Files (zum Schluss der ersten Season) wurde sie wieder an die Academy versetzt, wo sie bis zu ihrer Entfuehrung bleibt. Nach drei Monaten tauchte sie als komatoese Patientin in einem Krankenhaus in Georgetown wieder auf und erholte sich langsam. Als daraufhin die X-Akten wieder eroeffnet wurden, arbeitete sie wieder als Mulders Partnerin. Im Verlauf der naechsten Monate kamen immer  wieder Erinnerungen aus der Zeit ihrer Entfuehrung zurueck. Zudem fanden sich auch weitere Hinweise auf die Hintergruende und das wahre Geschehen, das weniger eine Alienabduction, als vielmehr ein gross angelegtes Experiment  der Regierung war. Menschen wurden zu Testzwecken entfuehrt, ihnen  wurden Implantate in den Nacken eingesetzt, die sie stets auffindbar machen sollten und zusaetzlich Erinnerungen aus dem Gehirn speicherten. In einem alten Bergwerk fanden sie und Mulder Tausende von medizinischen Akten mit Gewebeproben, entnommen bei Pockenimpfungen, auch Scully hatte dort eine Akte, ebenso wie Samantha Mulder. In der vierten Season zeigte sich, dass diese Experimente einen inoperabelnen Krebstumor im Hirn bei ihr verursachte.